Давно хочу обратить на это внимание, чтобы исправить в будущих версиях. Если открыто окно приватного разговора чата, которое является неактивным ("закрыто" другими окнами рабочего стола), то при получении (приеме) файла, не происходит оповещения в трее (не появляется "конвертик").
Это баг? Или так и должно быть. Думаю вполне реализуемо сделать проверку на "активность" открытого окна, чтобы отображать или не отображать оповещение в трее о принятом файле.