В настройках всех клиентов стоят все галочки в разделе "Показывать окно чата поверх всех окон" - при приходе сообщения в канале, в привате или объявления.
Но оно никогда поверх всех окон не появляется. Для этого пользователю приходится открывать окно клиента, нажимать на "кнопку", чтобы стала синей, или заходить в раздел "Инструменты" - "Поверх всех окон". Тогда начинает появляться поверх всех окон.
Но не все по утрам вспоминают, что это нужно делать (а некоторые вообще не знают), и в результате сообщения идут, а клиент их не видит.
Версия клиента - 4.14.0 от 11.07.2012
Обновлять пока не пробовалию