Передача файлов напрямую происходит, когда между клиентами есть проход трафика по 20000 и 20001 портам (значения по умолчанию).
Также посмотрите в настройках "Групп прав" не включено ли у вас правило - "Файлы" - "Передавать файлы только через сервер"