1. Немного уточню. При использовании
[системный диск]:\Documents and Settings\[имя пользователя]\[файлик с настройками]
всё равно можно промахнуться мимо профиля пользователя. Вернее использовать переменную окружения %USERPROFILE%, а можно взять из реестра соответствующей ветки раздела "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\ProfileList", но важно перед этим проверять версию ОС.
2. Для автозапуска программы не правильно использовать ключ реестра в разделе "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run". К этому ключу у простого пользователя доступ только на чтение, изменить его не получится. Если Вы хотите, чтобы рядовой пользователь имел возможность включать/выключать автозапуск, то используйте раздел "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run".
3. Теперь вот что. Всё дальнейшее относится к разделам NTFS, но на сегодняшний день они используются чаще, чем FAT-ы. Если установка программы производится локальным администратором в папку, доселе несуществовавшую, (т.е. новую), то на эту папку устанавливаются права, которые не позволяют простому пользователю что-либо записать, а тем более дописать. Как вариант --- все изменяемые данные нужно хранить в профиле пользователя. В противном случае нужно при создании папки установить NTFS-права на нужные файлы/папки для доступа к ним простых пользователей.