сделать настройку чтобы можно было поставить мигание в трее когда сообщения приходят именно сотруднику
а не в общий чат каждый раз мигает и люди не понимают ему лично пришло или нет.

Что то такое действительно необходимо.

да да, нужно что бы мигание значка в трее настраивалось, а то приходится реагировать не на сообщение в личку которое ждешь, а на флуд в общем канале, это напрягает ...

Наверное лучше будет не мигание, а отдельное окно, которое вне зависимости от открытых у сотрудника программ, всплывало бы поверх всех остальных окон посреди экрана (принудительно), к примеру как в программе Net Speakerphone!
Только тогда вы будете уверены, что ваш сотрудник действительно получил то, что вы хотели. А все эти мигания ерунда (проверено не раз). Сотрудники бывает и не видят, что у них в трее что-то мигает, т.к... бывают очень заняты работой