Скорее всего, когда вы запускали сервер, как системную службу, вы не остановили уже работающий сервер.
Сделайте как описано в инструкции:
https://nsoft-s.com/mcserverhelp/index. ... ervice.htm
1.Завершите работу приложения MyChat Server, если оно у вас запущено (Alt+X).
2.Установите системную службу, запустив cmd-файл C:\Program Files (x86)\MyChat Server\SystemService\service_install.cmd
3.Запустите сервис, запустив cmd-файл C:\Program Files (x86)\MyChat Server\SystemService\service_start.cmd